北京新世纪儿童医院和北京儿童医院是两个的医疗机构，它们之间没有隶属关系。
北京新世纪儿童医院是一家专注于儿童医疗服务的专科医院，按照国际医疗标准运营，致力于为0至18岁的儿童提供全面、高品质的医疗服务。医院拥有一流的专家团队和现代化设施，提供从新生儿到青少年的综合医疗保健服务。
相比之下，北京儿童医院则是首都医科大学的附属医院，它起源于1942年，由儿科医学先驱诸福棠院士创立，是一所集医疗、科研、教学和保健为一体的三级甲等综合性儿科医院。医院占地面积和建筑面积庞大，编制病床数量可观，旨在为儿童提供全面的医疗保障。
北京儿童医院在设备、科室和科研方面具有显著优势，设有35个临床和医技科室，包括国家临床重点专科，如呼吸系统疾病研究中心、儿科重症等。医院还拥有多个重点实验室和医疗中心，如儿童白血病研究、小儿耳鼻喉头颈外科等，为儿童健康提供了更深入和专业的支持。
总结来说，北京新世纪儿童医院和北京儿童医院虽然都是儿童医疗领域的专业机构，但它们是且专注于不同服务领域的医院，各有其特色和优势。