不管夫妻分居两年还是三年，只要办理了离婚手续就可以离婚。以协议离婚为例，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并携带离婚所需的材料和离婚协议共同亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。工作人员审核后，认为双方符合离婚条件的，可以等到二人过完离婚冷静期后为其办理离婚登记手续，分发离婚证。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十条
完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。