发包人主张将工程款予以抵扣的，如果双方在合同中有所约定的，应该支持。一般情况下，承包人依据建设工程施工合同要求发包人支付工程款，发包人主张将其已向合法分包人、实际施工人支付的工程款予以抵扣的，不予支持。
一、挂靠人可以同时起诉甲乙双方吗?
这个问题应该先明确下甲乙双方在施工合同中是甲方作为发包方，乙方作为承包方，挂靠人就是借乙方资质进行实际施工的主体，在这种情况来进行讨论，我们认为这种情形下，挂靠人是可以同时起诉发包人和承包人的，理由如下。第一、因为乙方作为被挂靠人出借资质给挂靠人承诺发包人的工程，这种情形所发包方与承包方所签订的施工合同无效。第二、挂靠人事实上也是工程的实际施工人，为此以实际施工人身份以发包人为被告主张权利的，人民可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。为此解决由农民工组成的实际施工人在与其有合同关系的相对人，因下落不明、破产、资信状况恶化等原因导致其缺乏支付能力，实际施工人又投诉无门的情况下，为实际施工人主张工程价款提供的特殊救济途径，即准许实际施工人突破合同相对性，提起以发包人、承包人为被告的诉讼。
二、工程款可以直接找甲方吗？
工程款可以直接找甲方讨要，工程分包除外。法律规定，分包工程价款由承包人与分包人结算。发包人应将分包工程价款全部支付给承包人，除合同另有规定或取得承包人的同意外，发包人不得以任何形式向分包人支付各种工程价款。
三、施工人的认定
根据《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二十六条实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民应当依法受理。
实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。
“实际施工人”是指依照法律规定被认定为无效的施工合同中实际完成工程建设的主体，包括施工企业、施工企业分支机构、工头等法人、非法人团体、公民个人等，是《最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》确定的概念，目的是为了区分有效施工合同的承包人、施工人、建筑施工企业等法定概念。为保障农民工合法权益和维护社会大局稳定，该司法解释第二十六条第二款规定，在欠付劳务分包工程款，进而欠付农民工工资情形下，实际施工人可突破合同相对性向与其没有合同关系的发包人、总承包人提起偿还劳务分包工程欠款的诉讼。该条第一款同时规定，原则不能突破合同相对性，应当按照合同顺位主张权利。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第八百零七条
发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在公道期限内支付价款。发包人逾期不支付的；除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民将该工程依法拍卖，建筑工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。