法律分析：如果合同中涉及违法条款，一般情况下，该条款将被认为是无效或非法的。此外，如果合同的目的是违反法律或公共的，整个合同都可能被视为无效。对于违法的条款，通常会将其视为未经协商的部分，并根据诚实信用原则制定替代条款。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第四十四条：违法的合同条款无效。
2.《中华人民共和国合同法》第二十四条：订立、履行合同应当遵循诚实信用原则。
3.《中华人民共和国合同法》第十九条：合同订立的目的和内容，不得违反法律法规，不得违背公序良俗。
以上是有关“如果合同中有违法条款会怎样？”的法律分析和法律依据。在签署合同时，应当注意其是否涉及违法条款，如遇到问题应及时咨询专业人士。