法律分析：由于刑事案件的复杂性，同一个案件两次立案时有发生，同一个件由不同的机关进行立案是可以的，侦查机关内部会解决此种问题，最终案件还是只能立案一次。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第八十六条 人民、人民或者机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案。