农村合作医疗补交费的流程为：
1、单位经办人员携带资料到征缴窗口办理医疗保险补缴录入手续；
2、用人单位持补缴表到社会保险经办机构缴费；
3、用人单位携交款，由社保经办机构人员在社保部门办理意见栏签字并加盖业务章；
4、用人单位凭盖章及相关材料到医保科重新认定医疗保险视同缴费年限；农村合作医疗费可以补交当年的。
新农保缴费方法：
1、定期交费，在收入比较稳定或比较富裕的地区和人群采用这种方式。如乡镇企业可按月、按季交纳保费，富裕地区的农民可按半年或按年交纳保费，其交费额既可以按收入的比例，也可以按一定的数额交纳；
2、不定期交费，多数地区因收入不稳定而采取的方式。丰年多交，欠年少交，灾年缓交。家庭收入好时交，不好时可不交；
3、一次性交费，多数是岁数偏大的农民，根据自己年老后的保障水平将保费一次交足，一直到60岁以后按规定领取养老金。
医疗报销的方法：
1、购药时，持卡人去医保定点机构买药，费用走个人账户；
医保分两个帐户，个人帐户，体现在医保卡内的钱，可以用来在定点药店买药，门诊费用的支付和住院费用中个人自付部分的支付；统筹帐户，由医保中心管理，参保人员发生符合当地医保报销的费用由统筹帐户支付；
2、去门诊看病，保存好诊断证明、病历、报告单、收费单据等原件，去当地社保机构办理报销；
在就医的时候，向定点医院出示医保卡证明参保身份，在结帐的时候，该个人自付的部分由自己用医保卡或者现金支付，该医保报销的部分由医保和医院结算，个人不需要先支付再报销；
3、住院时，先交存一定押金，出院时根据医保报销比例进行款项结算，多退少补；
住院报销的时候，有个起付线，也就是说起付线的钱需要自己支付，超过起付线的部分才能根据当地医保的规定报销，报销比例各地是不一样的，大概75%左右。
综上所述，新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和资助的方式筹集资金。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第三条
社会保险制度坚持广覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，社会保险水平应当与经济社会发展水平相适应。
第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。