员工驾驶公司车辆肇事谁赔偿，需要根据实际情况进行确定。分别是：
（1）员工私开单位车辆肇事的，由员工承担肇事的责任，首先由保险公司赔偿，超出保险限额的，由员工赔偿。如果公司代员工垫付费用的，公司可以向员工追偿；
（2）如果是员工在工作时间驾驶车辆导致车祸的，那么就由公司赔偿。
交通事故责任有争议该怎么办
1、迅速报警，交警进行现场勘查后，当场做出事故认定，撤出事故现场，恢复交通；
2、由责任方通知保险公司做出车辆损失鉴定；
3、双方共同前往交警分局事故大队，并提供驾驶证、行驶证、定损单的原件及其复印件，写出事故经过；
4、由责任方赔偿损失，无责方将事故维修费用交给责任方；
5、无责方离去，交警部门依据相关法律对责任方造成事故的违法事实做出处罚；
6、交警部门对责任方出具有效凭证，责任方依据该凭证找保险公司理赔。
综上所述，员工开公司车出了事故如果是员工私开单位车辆肇事的，由员工承担肇事的责任，如果是员工在工作时间驾驶车辆导致车祸的，那么就由公司赔偿。
【法律依据】：
《中华人民共和国道路交通安全法》第七十三条
机关交通管理部门应当根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书，作为处理交通事故的证据。交通事故认定书应当载明交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，并送达当事人。