法律分析：这两者的区别就是一个在原审理，一个在指定的进行审理。
1、指令再审是指最高人民对各级人民已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民对下级人民已经发生效力的判决和裁定，如果发现确有错误，可以指令下级人民再审从而提起审判监督程序的一种方式。
2、发回重审是指上级对上诉、抗诉案件进行审查，存在程序错误或事实认定错误，指令原审人民重新审理的一种方式。指令再审，是针对已经生效的判决，发回重审，可能是在二审程序中发回重审，可能是再审程序中发回重审。两者的适用对象，适用程序，决定机关都是不一样的。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第四十条 人民审理第二审民事案件，由审判员组成合议庭。合议庭的成员人数，必须是单数。 发回重审的案件，原审人民应当按照第一审程序另行组成合议庭。 审理再审案件，原来是第一审的，按照第一审程序另行组成合议庭；原来是第二审的或者是上级人民提审的，按照第二审程序另行组成合议庭。
第一百七十条 第二审人民对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民重审。 原审人民对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民不得再次发回重审。
第一百九十 各级人民院长对本院已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，发现确有错误，认为需要再审的，应当提交审判委员会讨论决定。 最高人民对地方各级人民已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，上级人民对下级人民已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，发现确有错误的，有权提审或者指令下级人民再审。