土地承包合同的违约金是由双方当事人共同协商的。
违约金是合同经济方式的一种，也是对违约的一种经济制裁。违约金具有担保债务履行的功效，又具有惩罚违约人和补偿无过错一方当事人所受经济损失的效果。在司法实践中，对于承包合同违约金的确定应当严格按照当事人意思自治原则，由当事人双方自行约定，也可以在发生合同约定后双方自行协商。
在审理案件过程中，如果承包合同违约方以约定的违约金过高为由，要求减少，会参照实践中一般标准予以调整。当然，对于承包合同违约金约定过低，不足以弥补当事人损失的，可以根据当事人提出的要求视情况予以提高。
承包合同违约金的计算依据：违约金本金×约定的利率×违约天数。对于合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，人民可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期违约金。对于承包合同未约定违约金的，在判决时候可以不支持违约金。
一、土地承包合同违约怎么处理？
守约方可以按照合同当中关于合同违约的相关内容，要求违约方支付违约金，承担违约责任。违约方拒不支付的，守约方可以凭借违约方违约的相关证据，写好起诉状，向违约方所在地或者合同履行地的人民起诉解决。
《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
二、土地承包合同纠纷找哪个部门？
1.土地所有权的纠纷，主要是组与组之间，村与村之间，甚至是乡与乡，县与县之间的土地所有权最属问题的纠纷。这类纠纷由纠纷双方上一级的国土部门提出处理意见，同级作出处理定决。是不受理的案件类型。
2.农村土地承包纠纷问题有三个主要途径：
一是通过村民小组或村委会进行调解，或由乡镇、司法所进行调解，这是大调解的范畴，纠纷当事人可以坐下来协商一致的前提下由村委会或乡镇作出调解书，双方签字认可后生效；
二是由县级农村土地承包仲裁委员会进行仲裁，仲裁程序与打民事官司类同；
三是向地方提起民事诉讼。在土地承包纠纷的仲裁或诉讼中，相关法律没有设定前置条件，可以按纠纷当事人的意愿任意选择其中的解决方式。一般顺序是先调解，调解不成再仲裁，对仲裁不服再打官司。
土地承包合同的违约金是由双方当事人共同约定的，如果是当时没有约定好违约金的话后面可以签订一个补充协议进行补充违约金的金额。如果合同违约金过高的话，可以申请是当地降低。